Pridobitev pravice do zmanjšanja davčne osnove izhodnega DDV iz 39. člena ZDDV-1 še ne pomeni, da davčni zavezanci z njo avtomatično pridobijo tudi pravico do izplačila presežka davka, ki se lahko pojavi zaradi zmanjšanja davčne osnove. Pogoje za izplačilo presežka DDV ne ureja 39. člen ZDDV-1, temveč jih določajo druge določbe (73. člen ZDDV-1 in 97. člen ZDavP-2), iz katerih pa izhaja, da se presežek izhodnega DDV, ki nastane zaradi zmanjšanja davčne osnove, lahko davčnemu zavezancu izplača le, če je davčni zavezanec izhodni DDV, ki ga je zmanjšal, predhodno plačal, ter pod nadaljnjim pogojem, da davčni zavezanec nima zapadlega drugega davčnega dolga.